Οι αρχαιότητες που βλέπει σήμερα ο επισκέπτης της ανασκαφής αποτελούν μέρος, μόνο, όσων αποκαλύφθηκαν στο «οικόπεδο Μακρυγιάννη», τον περίκλειστο χώρο γύρω από το Μουσείο. Ένα άλλο μέρος τους διατηρείται σε κατάχωση, ενώ ένα ακόμα τμήμα απομακρύνθηκε για να κατασκευαστούν τα υπόγεια επίπεδα, κυρίως του σταθμού «Ακρόπολη» του ΜΕΤΡΟ.

Η περιοχή κατοικήθηκε σχεδόν χωρίς διακοπή μέχρι το τέλος του αρχαίου κόσμου. Κάθε γενιά άφηνε τη δική της σφραγίδα επισκευάζοντας τα παλαιότερα οικοδομήματα ή χτίζοντας καινούρια πάνω στα χαλάσματά τους. Η μακραίωνη αυτή χρήση δημιούργησε ένα πυκνό πλέγμα αρχιτεκτονικών καταλοίπων, με καλύτερα διατηρημένα αυτά της ύστερης αρχαιότητας.

Σήμερα στον χώρο κυριαρχεί το εντυπωσιακό κτήριο Ζ, που ιδρύθηκε γύρω στα μέσα του 5ου αι. μ.Χ., η νέα του πτέρυγα, το κτήριο Ε, που προστέθηκε στις αρχές του επόμενου αιώνα, αλλά και τα εργαστήρια που εγκαταστάθηκαν εκεί μετά την εγκατάλειψη του συγκροτήματος.

Μέσα και έξω από τα παραπάνω κτήρια προβάλλουν νησίδες με αρχαιότερα οικοδομικά κατάλοιπα, όπως αυτά των οικιών Γ, Η και ΣΤ που κατασκευάστηκαν στα τέλη του 4ου/αρχές 5ου αι. μ.Χ., του Δυτικού λουτρού του 2ου αι. μ.Χ., καθώς και τεσσάρων δημόσιων αποχωρητηρίων που λειτούργησαν διαδοχικά από τον 2ο αι. π.Χ. έως και τον 5ο αι. μ.Χ. Τέλος, στο νοτιοδυτικό άκρο της ανασκαφής διατηρούνται τα ερείπια της οικίας Θ, κυρίως αυτά που ανήκουν στις παλαιότερες οικοδομικές φάσεις της, του 5ου, 4ου και 3ου αι. π.Χ.